阳光明媚的一天,菜问背着书包去植物小学上学。
到了学校之后,他目瞪口呆。只见学校的楼房破烂不堪、地面坑坑洼洼、火焰还在燃烧着菜问和伙伴们辛辛苦苦种的花草树木。菜问心急如焚,急忙搬开石块,看看有没有幸存的人,他找到了火炬树桩和一只从来没有见过的动物,还有昏迷不醒的豌豆射手、坚果和红针花,就找不到其他人了。火炬树桩告诉菜问其他人都被僵尸博士的黑暗机械龙抓走了,那个他从未见过的生物是一条传说中的小烛龙。
第二天,菜问把他的朋友们叫醒后,便拿起火炬树桩给的装备和伙伴们走了,还带上了小烛龙。他们走到一个山谷里,发现了一群僵尸守卫。正当他们讨论如何对付僵尸时,僵尸守卫发现了他们,拿起武器直向菜问等人冲来。菜问等人想都不想就投入了战斗,坚果从山上滚下来撞倒了许多僵尸,菜问用功夫把几十个僵尸打得屁滚尿流,豌豆射手用子弹在僵尸群里一个扫射,就射倒了好几个僵尸,红针花用针把僵尸们打得嗷嗷直叫。可是,由于僵尸实在太多了,当他们快要撑不住的时候,小烛龙从山上飞了下来,吐出一团烈火,将僵尸们烧得魂飞魄散、落荒而逃。
菜问等人刚来到僵尸博士的城堡门前,忽然,一声巨响,只见僵尸博士驾驶着黑暗机械龙从城楼上飞了下来,向菜问等人吐了一团邪火。然后张牙舞爪地扑了过来。菜问等人早有准备,以迅雷不及掩耳之势进入机甲装备,跟僵尸博士大战起来,可是,由于菜问他们总是单打独斗,除了菜问和小烛龙外,一个个都被黑暗机械龙甩进了岩浆里,小烛龙突然进化,将甩进岩浆里的同伴救出来。然后,一起合力将僵尸博士强化后的黑暗机械龙打得稀巴烂。菜问他们大获全胜,救出了被抓走的其他人。一起返回校园,把校园建得更加坚固美丽。